In Nextflow geschriebene Bibliotheken

rnaseq

RNA-Sequenzierungsanalyse-Pipeline mit STAR, RSEM, HISAT2 oder Salmon mit Gen-/Isoformenzählung und umfassender Qualitätskontrolle.
  • 646
  • MIT

patterns

Eine kuratierte Sammlung von Nextflow-Implementierungsmustern (von nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Analysepipeline zur Erkennung von Keimbahn- oder somatischen Varianten (Vorverarbeitung, Variantenaufruf und Annotation) aus WGS/gezielter Sequenzierung.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq Peak-Calling-, QC- und Differentialanalyse-Pipeline.
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq Peak-Calling- und QC-Analyse-Pipeline.
  • 142
  • MIT

mag

Zusammenbau und Binning von Metagenomen.
  • 134
  • MIT

eager

Eine vollständig reproduzierbare und hochmoderne Pipeline zur Analyse antiker DNA.
  • 96
  • MIT

configs

Konfigurationsdateien, die zum Definieren spezifischer Parameter für Rechenumgebungen an verschiedenen Institutionen (von nf-core) verwendet werden.
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Ein Proof of Concept der RNAseq-Pipeline.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) Best-Practices-Workflow für seltene Krankheiten.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Präzise HLA-Typisierung anhand von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Eine Proof-of-Concept-RNA-Seq-Pipeline mit Nextflow.
  • 28

GATK

Keimbahnvariantenaufruf der Nextflow-Pipeline basierend auf GATK4 Best Practices.
  • 11